역사 속에는 아직 풀리지 않는 미스터리들이 아주 많다. 그래서 여러 가지 해석과 주장이 서로 충돌하기도 하고, 새로운 문화재의 등장으로 기존의 역사가 뒤집히기도 한다. 〈Why? 미스터리〉는 그동안 우리 역사에서 오랫동안 무엇이 진실인지 논쟁이 있었거나, 아직도 수수께끼로 남은 미스터리들을 소개하고 있다. 백두산 폭발로 멸망했다고 하기에는 앞뒤가 맞지 않는 발해, 신라 멸망 후 사라진 마의 태자의 행적, 의문의 죽음을 당한 소현 세자, 일제의 고등